A hangulatos város, Paks életében jelentős szerepet játszik a Duna és a víz. A római birodalom határfolyója a Duna volt, itt építette ki Bottyán János a dunántúli kuruc hídfőállást, melyet ma „Bottyán vára” néven ismernek. A település gazdaságát a dunai hajózás, a kereskedelem lendítette fel. A víznek köszönhetően tudták felépíteni az atomerőművet, hozzájárult a hajómalmok működéséhez és a molnárcégek felvirágzásához. Halászatának, vízisportjainak, olimpikonjainak és halászlevének köszönhetően Paks ismertté vált.
Miután átlépünk a Paks közigazgatási határát jelző táblán, elénk tárul a csodálatos, egyedülálló panorámával rendelkező Duna. A folyóra egyébként tökéletes kilátás nyílik a Gárdonyi kilátóból, ahonnan végig követhetjük teljes pompájában a Duna kanyarodását.
Az itt élők tudják, hogy a víz mellett, a folyó különleges élővilága is jelentőséggel bír, a halak, madarak mellett, pedig a tavasszal üdezöld, ősszel narancsvörös és arany színekben játszó ártéri erdei fák is hozzájárulnak az egyediséghez. A különleges világ a maga csendességével, békességével, nyugalmával, a hajók dohogásával számos művészt ihletett már meg.
A dunai halállomány megcsappanásának ellenére, nincs olyan napszak, hogy a folyóparti bokrok és kőszórások tövében ne ülnének horgászok. A sport szerelmesei olyan halakra akadhatnak, mint a ponty, a dévér, a balin, a süllő, a csuka, a harcsa vagy akár a viza. Az atomerőmű melegvízkifolyóinak környékén szinte az egész halfauna egyedei megtalálhatóak.
A folyó és környezetének mai jellege az 1841-es folyószabályozást követően alakult ki. A pusztító árvizek megszűntetése céljából átvágásra került a hajtűkanyar, mely ugyanakkor az olcsó vízi közlekedés lehetőségét is megteremtette. A kanyar átvágását követően az Imsós-erdő a Duna-Tisza közéről átkerült a Dunántúlra. A terület növényfajai, mint például a koratavasszal nyíló ligeti vagy dunavölgyi csillagvirág, a mocsári aggófű, vagy a nyári tőzike, ritka természeti értékekkel bírnak. Egyes elhatárolt területeken találkozhatunk orchidea fajtákkal vagy az országosan is ritkának számító zöldes sarkvirággal. Az erdőt 2000-ben helyi jelentőségű természetvédelmi területté, védetté nyilvánította a város. Túrázásra és kirándulásra kiválóan alkalmas.
A kereskedelmi életben is változásokat eredményezett a folyószabályozás, a Duna hajózható ága közvetlen a város mellé került és a szárazföldről történő hajóvontatást felváltotta a gőzhajózás. Az első személyhajó - a Pest nevű osztrák gőzös - 1846. július 22-én kötött ki Pakson.
A folyó Paks gazdasági életében mindig is fontos szerepet játszott. 1861-ben 55 vízimalom működött és őrülte a város és a környék búzáját. 1959-60 telén tönkrement az utolsó működő dunai vízimalom.
Ugyan már csak az idősebb korosztály emlékeiben él, azonban a paksi Duna szakasz történelmének fontos részét képezi a két óriási lapátkerekes gőzös, a Kossuth és a Petőfi hajó. Ezek az ún. „kofahajók” Budapest-Mohács útvonalon közlekedtek, friss zöldséget, gyümölcsöt szállítottak a víz melletti településekről a fővárosba. A Duna ezen szakaszán 21 hajóállomás feküdt, mely pótolta a nehézkes, sok átszállással járó vasúti közlekedést. Ma már mindez a múlté, a „kofahajókat” leváltották a szintén lenyűgöző látványú hatalmas uszályok és sétahajók.
Sajnos a folyó mindamellett, amit a városnak nyújtott időnként áldozatokat is követelt. 1887. június 18-án reggel történt Paks történetének eddigi legnagyobb dunai katasztrófája. A Paks déli határában található biskói révnél süllyedt el az a komp, mely a kalocsai Jézus szíve búcsúra tartókat szállította. A tragédiának, mely 224 halálos áldozatot követelt 1903-ban állítottak emlékművet. A homokkőből készült szobor a teljes alakos Jézust ábrázolta, bal kezében fakeresztet tartva, jobb kezével a katasztrófa helyszínére mutatva. 2000-ben az atomerőmű támogatásával megújították az akkorra erősen lepusztult állapotú emlékművet, az eredeti talapzatra bronzba öntött szobormást állítottak. A katolikus templom előtti emlékmű és a Szent Vendel kápolna mellett található felújított kereszt is a kompkatasztrófa emlékét őrzi.
